黑臭水体治理虽然国家有统一要求，但不同的地方、不同的发展阶段，有不同的治理需求。就太湖流域来说，当前要系统治理黑臭水体，从工业、生活、农业和生态修复等方面，应着重做好以下工作。

工业污染防治抓两头，即提档升级和淘汰落后。一是全面开展企业资源集约利用综合评价工作，制定出台差别化生态环境保护政策。排序靠前的企业推行环保领跑者制度，鼓励污染物排放浓度和总量超低排放，排序靠后的企业实施改造或退出措施，合理、优质、高效配置要素资源，全面淘汰低端低效产能，坚决关停高耗能、高排放和“散乱污”企业。二是全面开展重点行业提标改造，加强工业园区升级治理。按照太湖流域最新出台的重点行业及城镇污水处理厂排放限值要求，按期完成六大重点行业和工业园区污水处理厂提标改造。开展园区雨污分流改造、企业废水分类收集，所有省级以上开发区开展园区循环化改造，加快建设国家或省级生态工业园区。

城镇生活污染治理抓达标，即提标改造和提质增效。一是严格执行城镇污水处理厂排放限值，全面完成城镇污水处理厂提标改造。流域内200多家污水处理厂要制定一厂一策方案，从工程提标和管理提标等多角度推进工作。二是全面开展管网建设改造和排水达标区建设，加快推进城镇污水全收集、全处理、全达标。全面开展市政管网及附属设施普查和检测，实施雨污混接点、管网漏损点改造，加快城镇生活小区、城中村、建制镇、撤并乡镇、工业集聚区等排水达标区建设，将包括小餐饮、洗浴、洗车、洗衣、农贸市场等各类生产生活污水全部纳入排水达标区管理范畴，实现提质增效。

农业面源污染防治抓减量，即种养结合和循环利用。一是推进生态循环农业建设，实现化肥农药减施。鼓励种植和养殖结合，在农业园区、规模种植基地和丘陵山区大力推广农牧结合、种养循环等生态农业模式。以太湖一、二级保护区为重点实施耕地轮作休耕，实现流域内化肥农药大规模减施。二是加强养殖污染治理，推进循环利用。加快推进畜禽生态健康养殖，配套完善畜禽养殖废弃物处理和资源化利用设施，在有条件的养殖密集区建设畜禽粪污专业化收运体系和集中处理资源化利用中心，大幅度提高流域畜禽粪污综合利用率。加快实施养殖池塘生态化改造，促进池塘养殖尾水达标排放或循环利用。

河道生态修复抓系统，即水质改善和生态链构建并重。一是在截污控源的基础上，在流域有条件的河流、湖荡，因地制宜建设和修复湿地，进一步改善水质。鼓励太湖一级保护区和上游重点地区城镇污水处理厂创造条件将尾水接入人工湿地或自然湿地等，实现尾水生态净化。二是注重系统思维，重视生态系统整体构建。综合考虑多种因素，包括雨水收集利用、防洪护坡设计等雨洪管理，包括水系沟通的活水工程、裁弯取直营造自然生境增加生物栖息地等河道改造，包括不同季节植物的选择、鱼类的搭配等物种和数量的选择等。生态系统整体构建应成为今后湿地建设关注的重点。